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Laboratoire/Entreprise : Plateau de profilage métabolique et de metabolomiq
Durée : 6 mois
Contact : olivier.filangi@inrae.fr
Date limite de publication : 2023-01-26

Contexte :
INRAE est un institut de recherche public œuvrant pour un développement cohérent et durable de l’agriculture, l’alimentation et l’environnement. Pour répondre à des questions scientifiques de plus en plus complexes, il est souvent nécessaire de combiner des données provenant de banques de données publiques. La manière de représenter
ces données peut varier en fonction des communautés scientifiques ou des outils utilisés pour les produire par exemple. Dans ce cas, il est nécessaire de formaliser la manière de représenter et de
nommer les objets du domaine d’étude ainsi que leurs propriétés. Cette étape se concrétise généralement par la constitution de ressources sémantiques telles que les thésaurus et les ontologies.
L’infrastructure nationale de métabolomique MetaboHUB a pour objectif de fournir des outils technologiques de pointe et des services en métabolomique et fluxomique aux équipes de recherche académiques et à des partenaires industriels dans les domaines de la santé, de la nutrition, de l’agriculture, de l’environnement et des biotechnologies. Dans le cadre de sa nouvelle feuille de route, un des objectifs principaux est de favoriser une meilleure intégration des données et des services MetaboHUB au sein du consortium et au-delà. Les études actuelles sur le
métabolisme nécessitent l’utilisation d’un nombre croissant de ressources de données, complexes, produites ou stockées et au sein des plateformes de métabolomique et sur le Web.

le projet MetaSaurus réunit des experts en ingénierie des connaissances et en science des données du domaine de la métabolomique avec pour objectif de bâtir un modèle de connaissance adapté aux études
métabolomiques en s’appuyant sur les ontologies, thésaurus et vocabulaires contrôlés publiés (Thesaurus INRAE, Ontologies OBO Foundry / BioPortal).

Sujet :
Produire une ontologie adaptée au domaine de la métabolomique et les supports méthodologiques d’accompagnement de la démarche

A partir des spécifications du projet MetaSaurus et de la description des étapes d’intégration de données en métabolomique, le projet consistera à élaborer la première version d’une ontologie dédiée à la métabolomique. Vous étudierez les modalités de réutilisation des ressources sémantiques existantes en lien avec la maintenance de cette ontologie (mis en œuvre des principes OBO) et intégrerez l’environnement de gestion de l’ontologie dans une forge logicielle. L’implémentation de l’ontologie sera réaliser au format OWL. Cette démarche fera l’objet d’une proposition de méthodologie générique qui pourra être transposée à d’autres cas d’études.

Profil du candidat :
Étudiant de niveau master 2

Formation et compétences requises :
– Connaissances générales des standards du web sémantique (OWL/RDF) et des outils : Protégé, Github.
– Aptitude à la rédaction de documentation technique
– Maîtrise de l’anglais technique (lu)

Adresse d’emploi :
P2M2
Domaine de, La Motte Bat 305, 35650 Le Rheu

Document attaché : 202210171248_Stage_IngenierieConnaissance_Metabo.pdf