Offre en lien avec l’Action/le Réseau : – — –/– — –

Laboratoire/Entreprise : Unité BioSP – INRAE
Durée : CDI
Contact : samuel.soubeyrand@inrae.fr
Date limite de publication : 2024-03-06

Contexte :
L’unité Biostatistique et processus SPatiaux (BioSP) à INRAE (Avignon) développe des travaux en statistique, en systèmes dynamiques, en écologie-épidémiologie avec un intérêt particulier pour les questions spatiales et spatio-temporelles. Les domaines d’application de ces travaux sont avant tout l’écologie, l’épidémiologie, l’agriculture, l’environnement et les risques climatiques. Vous serez intégré-e dans l’équipe Recherche de l’unité et contribuerez à au moins deux de ses priorités scientifiques : « statistique pour l’épidémiologie prédictive » et « observer et modéliser les distributions d’espèces ». Pour mener vos recherches, vous pourrez bénéficier de l’expertise des chercheur-e-s et ingénieur-e-s de l’unité (en statistique spatio-temporelle, systèmes dynamiques, apprentissage automatique, calcul scientifique, épidémiologie quantitative), de sa plateforme de calcul et de ses nombreux liens avec diverses équipes de recherche méthodologique et appliquée, à INRAE et au-delà.

Candidatures ouvertes du 30 janvier au 05 mars 2024 sur INRAE jobs :
https://jobs.inrae.fr/
Profil : https://jobs.inrae.fr/concours/concours-charges-recherche-classe-normale-profil-h-f/cr-2024-spe-3

Sujet :
Les données de diversité représentent un corpus d’information massif et majeur pour comprendre les interactions complexes entre les processus écologiques, épidémiologiques et biophysiques en jeu en santé et en agroécologie. Ces données doivent par exemple permettre de mieux comprendre et anticiper les émergences d’agents pathogènes ou de résistances aux produits de protection des plantes dans les systèmes multi-hôtes contraints par les changements globaux, ou encore de mieux comprendre et anticiper la régulation ou la conservation des micro- et macro-espèces dans des réseaux trophiques complexes contraints par les interventions humaines. Les données de diversité sont de plus en plus résolutives, fréquentes spatialement et temporellement, plurielles en termes de niveaux d’organisation et de groupes d’espèces, et hétérogènes. De telles données sont typiquement collectées par diverses équipes de recherche au département Santé des Plantes et Environnement (SPE) d’INRAE et à l’international, et ce pour divers micro- et macro-organismes constitutifs des phytobiomes (systèmes incluant les plantes, leur environnement et les communautés d’organismes associées). Vous contribuerez à relever les nouveaux défis méthodologiques associés à ces données de diversité en dépassant la vision généralement statique des approches actuelles. Vous mènerez ainsi des recherches en écologie des communautés avec une visée méthodologique (stratégies d’échantillonnage, réduction de la dimensionnalité, processus spatio-temporels, méthodes d’inférence et de prédiction, couplage de données hétérogènes de diversité, de l’échelle moléculaire à l’échelle des espèces et de leurs fonctions) afin de représenter et caractériser les dynamiques spatio-temporelles de communautés, et de les prédire sous divers scénarios de contrôle. Vous développerez ainsi une vision spatio-temporelle et multi-échelle des communautés avec en arrière-plan l’objectif d’élucider les conditions favorisant, par exemple, la régulation des bioagresseurs, la durabilité des résistances, l’évitement des émergences, la conservation de la biodiversité.

Profil du candidat :
Vous avez mené des recherches dans un des champs de l’apprentissage statistique, de l’apprentissage profond ou des modèles génératifs à base de réseaux de neurones profonds OU dans l’adaptation et l’application de ce type d’approches pour l’écologie ou l’épidémiologie.

Des connaissances en écologie des communautés, analyse de données de diversité, processus ponctuels, réseaux probabilistes ou apprentissage profond sont des atouts.

Formation et compétences requises :
Concours ouvert aux candidat-e-s titulaires d’un doctorat (ou équivalent) soit en statistique ou data science, soit en écologie-épidémiologie quantitative.

Adresse d’emploi :
INRAE – BioSP
228 route de l’aérodrome
Domaine Saint Paul
84914 Avignon